Métodos moleculares, celulares y bioinformáticos en Microbiología Ambiental

Dirección:
Mohamed L. Merroun, Profesor Titular de Universidad. Departamento de Microbiología. UGR.

Coordinación:
Fadwa Jroundi, Contratada de Investigación-Departamento de Microbiología, UGR.
Iván Sánchez Castro, Contratado de Investigación-Departamento de Microbiología, UGR

Lugar de realización
Facultad de Ciencias y Centro de Instrumentación Científica.

Reconocimiento de créditos
Posibilidad de reconocimiento de créditos ECTS OPTATIVOS en los Grados

Curso reconocido con (hasta el momento):
3 créditos ECTS OPTATIVOS en el Grado en Biología.
3 créditos ECTS OPTATIVOS en el Grado en Química.
1.1 créditos ECTS OPTATIVOS en el Grado en Nutrición humana y dietética.
1.1 créditos ECTS OPTATIVOS en el Grado en Ciencia y tecnología de los Alimentos.
1.1 créditos ECTS OPTATIVOS en el Grado en Farmacia.

Este curso podrá ser convalidado por créditos de libre configuración en las titulaciones a extinguir

Justificación del curso y objetivos
El aumento de la población y el desarrollo industrial alcanzados durante el siglo XXI han elevado la presencia de contaminantes, tanto orgánicos (petróleo y derivados, etc.) como inorgánicos (fosfatos, metales pesados, etc.), a niveles críticos. El resultado ha sido la aparición de problemas relacionados con la contaminación de ambientes naturales tales como aguas, suelos, sedimentos, etc., que antes eran desconocidos. Por lo tanto, es necesario llevar a cabo procesos de remediación de ambientes contaminados, y las tecnologías más atractivas son aquellas basadas en el uso de microorganismos: bioremediación.

La bioremediación se define como el empleo de organismos vivos con la finalidad de reducir o eliminar, degradar y transformar contaminantes tanto orgánicos como inorgánicos, en ecosistemas naturales. Los sistemas biológicos que actúan en estos procesos incluye a células microbianas enteras (bacterias, etc.), componentes celulares (ADN, ARN, enzimas purificadas, etc.). El diseño de estrategias eficientes de bioremediación consiste en estudiar el medio contaminado desde diferentes puntos de vista usando una metodología multidisciplinar combinando técnicas microbiológicas, químicas, etc.

Por ello, el objetivo principal de este curso práctico consiste en el aprendizaje del manejo de una metodología multidisciplinar combinando técnicas moleculares, microbiológicas, químicas, microscópicas, espectroscópicas, etc. para abordar la problemática de contaminación medioambiental. Los alumnos tendrán la oportunidad de manejar tanto técnicas punteras, como citometría de flujo y microscopia electrónica, de transmisión y de barrido, y bioinformática. En la parte práctica del curso, los alumnos aplicaran la citrometría de flujo y la microscopía para la búsqueda de microorganismos con potencial en el bioremedio de ambientes contaminados con metales pesados. En la segunda parte del curso los estudiantes se enfrentaran a un hipotético caso de “tesis doctoral” (se requieren estudiantes entusiastas e involucrados en entablar más de un “brain storming”), donde se empezará desde cero (diseño experimental), se seguirá por “cómo analizar los resultados obtenidos” (bioestadística) y se finalizarán haciendo las gráficas correspondientes (elaboración de la publicación). Los datos para la para la parte de bioinformática se basarán en los artículos que se puede encontrar en:
;https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25261127https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26894446

Dependiendo del tiempo disponible otros artículos estarán disponibles (con sus datos suplementarios) en consigna. Indispensable: cada estudiante tiene que tener acceso a Internet y llevar su propio ordenador (siendo administrador del mismo).

Competencias del alumnado:

1. Reconocer el papel de los microorganismos en resolver problemas medioambientales relacionados con la contaminación por agentes tanto orgánicos como inorgánicos.

2. Aprender a manejar programas bioinformáticos de análisis de diversidad y actividad microbiana.

3. Conocer las diferentes técnicas microbiológicas, espectroscópicas, microscópicas y de biología celular empleadas para el diseño de estrategias de bioremediación.

Metodología:
a) Clases magistrales
b) Prácticas de laboratorio

Evaluación:
Se propone un sistema de evaluación en el que se valorará:
Asistencia a las actividades del curso. Seguimiento del trabajo desarrollado por los alumnos en el laboratorio y de los resultados obtenidos.
-Asistencia a las clases: 20%
-Evaluación de los resultados obtenidos en el laboratorio a través de la actividad diaria: 30%
-Examen teórico: 50%

Requerimientos:
Este curso está destinado a los alumnos del 4º curso del Grado de Biología, Bioquímica, Biotecnología, Ciencias Ambientales, Farmacia, Química, y alumnos del Master y de Doctorado.