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SUMMARY:Bioinformática de muestras biológicas: BioEstadística univariable y multivariable aplicada a resultados con muestras de secuenciación masiva. (VII ed.)
DESCRIPTION:Modalidad de celebración: \nModalidad virtual síncrona\, usando la plataforma Google Meet y Zoom Meeting por videoconferencia. (La dirección del curso contactará con ustedes por correo electrónico con la debida antelación para facilitarles la forma de conexión\, así como las directrices que consideren necesarias para el correcto seguimiento del curso.) \nRequerimientos:\nEste curso está destinado a los alumnos cursando cursos del Grado de Biología\, Bioquímica\, Biotecnología\, Ciencias Ambientales\, Farmacia\, Química y Medicina entre otros muchos y alumnos del Máster y de Doctorado con conocimientos básicos de R pero no de Excel. \nDirección:\nMohamed Larbi Merroun\nProfesor Titular de Universidad\nDepartamento de Microbiología \nProfesor del curso:\nRamiro Vílchez Vargas\nInvestigador Contratado Doctor.\nUniversitäsklinikum Magdeburg\, Alemania \nPosibilidad de reconocimiento de créditos\nEste curso tiene reconocidos\, hasta el momento\, créditos en los siguientes Grados: \n1 crédito ECTS Optativo en la Facultad de Ciencias en el Grado en Biología\n1 crédito ECTS Optativo en la Facultad de Ciencias en el Grado en Estadística \nIntroducción: \nEl reciente desarrollo de técnicas de secuenciación masiva para el estudio taxonómico\, basado en el gen 16S rRNA\, de muestras medioambientales conlleva que se genere una cantidad considerable cantidad de datos\, los cuales han de ser informáticamente analizados.\nLos estudiantes tendrán la oportunidad de analizar ellos mismos datos crudos de secuenciación masiva. Dichas muestras provienen de biopsias de diferentes regiones del tracto digestivo humano\, saliva y heces de un grupo de 25 pacientes (8 muestras por paciente).\nEl análisis de datos se realizará usando plataformas de anotación taxonómica\, programas de informática y programas de estadística\, los cuales están disponibles online o instalados bien en el ordenador personal o en un servidor local\, en función de la memoria requerida para el análisis. \nTodas estas herramientas rara vez están reflejadas en los programas didácticos de Biología\, Bioquímica\, Biotecnología\, Ciencias Ambientales\, Farmacia\, Química\, etc.. o en Programas de Master o de Doctorado\, incluso a nivel Europeo. Por lo tanto\, los estudiantes necesitan cursos complementarios que implementen interdisciplinariamente su conocimientos en la materia. \nPor ello\, el objetivo principal de este curso es dotar a los estudiantes de conocimientos complementarios a sus respectivos estudios universitarios para que sean capaces de analizar los datos derivados de la secuenciación masiva. \nEl curso consta de un total de 30 horas\, distribuidas en seis horas durante cinco días consecutivos. No se requieren conocimientos previos ni de estadística ni de bioinformática y los conocimientos sobre Excel se explicarán sobre la marcha\, aunque se aconseja estar familiarizado con Excel. No obstante\, la semana antes del curso (una vez cerrado el periodo de matriculación) se mandarán ejercicios para homogeneizar el nivel de los estudiantes antes del comienzo del curso. Se recomienda fuertemente que cada estudiante tenga su propio ordenador portátil personal con programas estándar instalados (no se acepta plataforma OpenAccess para el Excel). El alumnado tiene que estar altamente motivado e involucrado en entablar “brain storming” durante la duración del curso. Nivel básico de inglés es recomendable aunque las clases se impartirán en español (English also possible). \nEl curso será online usando la plataforma Google meet y Zoom meeting con videoconferencia. Al ser el curso online en vez de presencial habrá que ajustar muchas cosas\, tanto el alumnado como el profesor. Por parte del profesor (Ramiro Vilchez-Vargas) el temario que siempre se ha impartido presencialmente se va a seguir impartiendo. La duración del curso está en principio en cinco días\, del lunes 8 de noviembre al viernes 12 de noviembre. Si el temario no se pudiera terminar en esos cinco días por razones de conexión o cualquier otra razón\, se aumentarán los días a un máximo de 2 días más\, terminando el curso como máximo el domingo 14 de noviembre. Las tutorías individuales o por grupos reducidos serán por video conferencia cada día antes del curso de 8:00h a 15:00 h (horario abierto). Por correo electrónico se podrá contactar con el profesor en cualquier momento. \nResumidamente\, el primer día se hará una introducción del curso incluyendo la importancia del diseño experimental en el resultado final\, se revisaran todos los programas que se utilizarán en los siguientes cuatro días\, y se empezará a analizar los datos brutos que se enviarán a los estudiantes con antelación. El segundo día se hará la anotación taxonómica de las secuencias y se agruparán por fila\, clase\, orden\, familia\, genero y filotipo. Se harán las rectas de rarefacción\, se normalizará la profundidad de secuenciación al mínimo de secuencias y se elaborarán los “heapmaps” de las muestras. Se obtendrán los índices medio ambientales (Richnness\, Evenness\, Shannon y Pielou índices) y se elaborarán las gráficas correspondientes. El tercer día se hará el agrupamiento (clustering) de muestras y se calcularán los coeficientes de correlación. En paralelo\, se realizarán grupos de trabajo (cuatro estudiantes máximo por grupo). Cada grupo analizará un sub-grupo de secuencias y los resultados se expondrán a la clase durante la duración del curso. El cuarto día\, se realizarán los cálculos requeridos para el estudio de co-ocurrencias de filotipos y se harán los gráficos correspondientes. El quinto día\, cada estudiante presentará una presentación de 15 minutos por video conferencia con los resultados que ha ido obteniendo durante la semana. \nEn resumen\, en el curso se enseñarán a anotar taxonómicamente\, hacer la rectas de rarefacción\, elaborar dendogramas usando diferentes algoritmos\, realizar PCoa\, NMDS\, PCA y CA\, ANOSIM\, PERMANOVA\, calcular los índices medioambientales\, Heatmaps\, SIMPER\, test de Wilcoxon\, Pearson\, con sus correspondientes FDR (False Discovery rates\, para corregir los valores de P)\, así como a realizar “Community Network”. \nCompetencias del alumnado: \na) Aprender a elaborar el diseño experimental adecuado para alcanzar el objetivo propuesto.\nb) Aprender a encontrar en internet aquellas plataformas y programas informáticos que se usan en la actualidad en el análisis de datos derivados de la secuenciación masiva.\nc) Aprender a manejar programas bioinformáticos de análisis de diversidad y actividad microbiana.\nd) Aprender a elaborar las gráficas correspondientes a los resultados obtenidos después del análisis de datos. \nMetodología: \na) Taller de trabajo. Cada alumno tendrá su propio ordenador\, aunque recomendable dos ordenadores\, uno para la videoconferencia y otro para hacer los ejercicios.\nb) Exposiciones por parte de los alumnos (15 min max). \nEvaluación:  \nSe propone un sistema de evaluación en el que se valorará:\nParticipación activa durante el curso\, interviniendo en el desarrollo del mismo.\nAl ser el curso online se realizará una evaluación continua valorando la participación de cada uno de los estudiantes. \nCualificación personal o empleos a los que da acceso: \nEl conocimiento de bioinformática y bioestadística aplicadas a campos de conocimiento relacionados con salud es altamente demandado en la actualidad. \nIdiomas utilizados: \nEspañol and English
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